Mihalis Markakis es doctor por el Massachusetts Institute of Technology (MIT), Cambridge, MA, EE. UU. Antes de unirse al IESE, formó parte de la Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales de la Universitat Pompeu Fabra, Barcelona.
Ha ocupado plazas de docente en el Massachusetts Institute of Technology (MIT), la INSEAD Business School y la London Business School, así como un puesto de investigador en los Laboratorios Bell, Murray Hill, NJ, EE. UU. Obtuvo las becas Ramón y Cajal y Juan de la Cierva del Ministerio Español de Economía y Competitividad, y también la beca COFUND de las Acciones Marie Curie de la Comisión Europea.
Sus intereses de investigación se centran en el modelado, análisis y optimización de sistemas estocásticos, y en sus aplicaciones en la investigación operacional y en las ciencias de la administración. En la era de los macrodatos y de los coches autónomos, su investigación se centra en los problemas de aprendizaje que surgen en la gestión de operaciones, así como en los problemas económicos en las ciencias del transporte. Su trabajo se ha publicado en revistas académicas de máximo prestigio, como Management Science, Mathematics of Operations Research, IEEE/ACM Transactions on Networking y IEEE Transactions on Information Theory.